Elle incombe en priorité à la sécurité sociale (le régime Sécurité Sociale peut être géré par la MGEN).
L’EPLE payeur peut maintenir le versement du salaire, déduction faites des indemnités journalières de la sécurité sociale lorsqu’elles sont versées à l’agent.

L'agent bénéficie, sur une période de 12 mois consécutifs ou de 300 jours en cas de services discontinus, du maintien de son plein ou demi-traitement pendant une période variable selon son ancienneté.

A partir de 4 mois d'ancienneté, l'agent perçoit son traitement pendant 3 mois puis il percevra un demi-traitement pendant 9 mois.

L'ancienneté, c'est l'addition de tous les contrats courts réalisés dans la Fonction Publique.

Si l'ancienneté n’est pas suffisante pour bénéficier du plein ou demi-traitement, l’agent est placé en congé de maladie sans traitement et ne perçoit que les Indemnités Journalières (IJ) de la Sécurité Sociale.

L’agent est placé en congé de maladie jusqu'à sa guérison complète ou la consolidation de sa blessure et peut bénéficier du maintien de son plein traitement selon son ancienneté de service.

L’agent non titulaire a droit à un congé de grave maladie, les congés de longue maladie (CLM) et de longue durée (CLD) n’existent pas. Pour en bénéficier, vous êtes atteint d'une maladie nécessitant un traitement et des soins prolongés et présentant un caractère invalidant et de gravité confirmée (cancer, diabète, sclérose en plaques, etc.) et justifier d'au moins 3 ans de service.

Durée du congé
Le congé de grave maladie est accordé ou renouvelé par périodes de 3 à 6 mois dans la limite de 3 ans au total. Sa durée est fixée par l'administration sur proposition du comité médical. Le renouvellement est accordé dans les mêmes conditions que la 1^re demande.

A l’issue d’un congé de maladie, l’agent est réaffecté sur son emploi ou sur un emploi similaire s'il est apte à reprendre ses fonctions.