Après des études d’histoire, Emmanuel Bourel est reçu à l’agrégation d’histoire en 1996. Il enseigne tout d’abord dans l’académie d’Orléans-Tours (1996-1997) puis dans celle d’Amiens (1997-2002).

Reçu au concours d’entrée à l’ENA en 2002, il sert tout d’abord en service déconcentré du ministère de l’Equipement à Amiens de 2005 à 2008. Il est affecté comme premier conseiller à l’ambassade de France en Albanie de 2008 à 2010 puis sort en administration centrale du ministère de l’écologie de 2010 à 2012 dans le domaine des ressources humaines.

Il rejoint le ministère de l’Education nationale en 2012 en qualité de DAASEN de l’Eure.

DASEN des Vosges de 2016 à 2022, il est nommé DASEN de Meurthe-et-Moselle à compter du 1er novembre 2022.